いろいろな意見があるのは分かっており将来的にはわからないですけど、現在では夫婦の場合、夫が世帯主になるのが一般的です。
  

世帯主って

世帯とは「居住と生計をともにする社会生活上の単位である」です。「居住」と「生計」2つの要素がありますので、夫婦でも別居していれば、別世帯になりますし、赤の他人でも一緒に住んでいて生計も一緒なら同じ世帯ということになります。

世帯として登録するには、必ず1人世帯主を決めなければいけません。
世帯主を一言でいうとその世帯の代表者と言えます。
1人世帯ならその人が世帯主となります。2人以上の世帯は「主としてその世帯の生計を維持している者、及びその世帯を代表する者として社会通念上妥当と認められる者」という2つが要素に該当する人の方が世帯主という事になります。

「会社で住宅手当が世帯主に」の場合

会社などでは、世帯主だけに支給される手当(住居手当とか)があることもあります。それは1つの世帯に対して支給されるものですのです。

ただ、仮に今まで夫が世帯主だったけれども、夫の会社には手当が無く、妻の会社には手当がある場合、世帯主を簡単に移動できるのならやってしまおうかという事になります。

結論から申しまして、すんなり世帯主は変更できます。そして一般的には世帯主が変更された住民票を会社に提出することで手当が貰えます。
混同している人が多いのですが世帯主と戸籍の筆頭者は別なので注意です。

世帯主の申請は申請時よりさかのぼって世帯主の変更する事も出来ますけど、さかのぼった期間で住民票を取得して使わなかったかとか質問されます。罰則は無いようですが。矛盾が発生しますからね。

世帯主変更のデメリット

デメリットといえば、世帯でまとめて送られる選挙の投票用紙の宛先は世帯主宛なので、妻が世帯主になっている場合妻の名前になること位ですが、関連してくる制度として、国民保険に加入している場合は要注意。世帯主の収入によって、国民健康保険料の額が変わってきます。

若干の会社の手当をもらっても結局、家族が支払っている国年保険料があがって相殺もしくは負担増になったら元も子もないですからね。
このパターンは遺族年金、障害年金を受けていて扶養に入れない国民保険に加入している親御さんと同居している場合とかにもおきます。

また世帯主が変わると、国民健康保険の再交付手続きが必要になります。そうすると銀行引落しなどをしていた場合でも、また同じ口座から引き落としたくても再度口座引落し手続きの書類を書いて、実際に引落しされるまで1ヶ月から2ヶ月かかります。

まとめ

ちゃぶ台をひっくり返すようですが、世帯主に出る住宅手当や他の手当を受給する為に世帯主を変更するのは
何万も違うのならば考えますが、月々数千円のちがいであれば社会通念上も含めて、あまり得はない気がします。
(賛否両論ある表現だと思うのですが、ゆるやかに受け取ってください。否定しているわけでは無いのです。)